La REM.AQUA está conformada por una Comisión Directiva en la que participan el Ministerio de Ambiente y Desarrollo Sostenible (MAyDS) y el Consejo Nacional de Investigaciones Cientríficas y Técnicas (CONICET), cuyo rol principal es dirigir y definir las líneas de acción de la red.
La red cuenta con una Coordinadora Científica, una Coordinadora Técnica, un Consejo Asesor y cuatro Grupos de Trabajo con Nodos asociados.
Con la finalidad de favorecer la dinámica de trabajo dentro de la red, se conformaron cuatro grupos de trabajo y se designaron dos investigadores responsables para cada uno de ellos.
Cada Grupo de Trabajo está conformado por numerosos especialistas de las diversas regiones del país, referentes en la temática. Hasta el momento, ya participan alrededor de 50 especialistas provenientes de 25 instituciones correspondientes tanto al sector académico como gubernamental.
-Coordinación científica: Dra. Nora Gómez
-Coordinadora técnica: Lic. MSc. María Eugenia Romero
-Coordinadores Grupo de Trabajo BIOMONITORES: Dr. Adonis Giorgi y Dr. Eduardo Domínguez.
-Coordinadores Grupo de Trabajo CALIDAD DEL AGUA Y NIVELES GUÍA: Dra. Mirta Menone y Dr. Pablo Collins.
-Coordinadores Grupo de Trabajo RÉGIMEN HIDROLÓGICO Y CAUDAL AMBIENTAL: Dr. Eduardo Kruse y Dr. Luis Espínola.
-Coordinadores Grupo de Trabajo SERVICIOS ECOSISTÉMICOS: Dr. Miguel Pascual y Dr. Esteban Jobbágy.